Ninjutsu to najbardziej popularna sztuka ninja, jaką się praktykuje. Podstawą w wykonaniu technik tego stylu jest odpowiednia kumulacja chakry oraz jej uwolnienie i wykonanie pieczęci dłońmi. W asortymencie technik Ninjutsu znajdują się zarówno te ofensywne, jak i defensywne. Są także takie, których używa się podczas misji zwiadowczych i szpiegowskich.

Dzieki NinJutsu:
- Koszt Czakry NinJutsu rangi C i mniejszych zmniejsza sie o połowę,
- Możesz uczyć sie NinJutsu  rangi C i mniejszych za połowę PN,
- Umiejętność szybszego wykonywania Pieczęci kosztuje 2 razy mniej PN,
- Siła NinJutsu rośnie o 50%,
- Możesz nauczyć się 1 dodatkowego jutsu na każdą rangę.